难治性便秘是指便秘患儿经传统的保守治疗3个月无效。对于这部分患儿，应首先重新考虑器质性疾病的可能性，再次详细评估患儿病史及体征，体格检查要详细检查骶尾部及会阴区，骶尾部区域皮肤表面有无凹陷、血管瘤等，有无臀沟的偏移；肛门部有无血肿、疤痕、瘘管，肛门位置是否异常、肛门口有无狭窄，肛周皮肤感觉有无异常。肛门指诊是必要的，进指时感受肛门括约肌的张力，评估肛门周围括约肌的完整性，°完整检查直肠，评估有无盆底占位性病变。退指后，观察肛门恢复静息张力的速度，脊髓病变的患儿，肛门恢复静息张力非常缓慢。对于年龄大的患儿，在取得患儿的信任和配合下，可进行动态触诊，当检查手指放进直肠时，要求病人用力做排便动作，感受耻骨直肠肌环有无反常收缩，直肠内套叠或直肠脱垂的病人在用力排便时还可触及直肠内下降的包块。病史及体格检查有可疑征象时可行相关检查，直肠活检以排除先天性巨结肠、行钡剂灌肠排除解剖学畸形、行脊柱MRI排除隐形脊柱裂、脊髓栓系等脊髓病变，盆腔MRI评估盆腔内占位性病变等。
如果经病史回顾、体格检查、辅助检查等措施排除器质性疾病可能之后，对于难治性便秘患儿的治疗，必须首先明确其主要的病理生理学机制。功能性便秘的病理生理学机制包括结肠传输功能障碍和排出功能障碍。因此，须行相关检查明确难治性便秘患儿是否存在结肠传输功能障碍或（和）排出功能障碍。评价结肠传输功能有三类方法，第一种采用不透射线的标记物技术，该方法简单实用、价格便宜，应用最为广泛，这种方法是一次口服许多不透射线的标记物，连续3天摄片，通过对右半结肠、左半结肠、直肠乙状结肠中标记物的分布来评估各个区域的功能，其他两种分别为结肠闪烁扫描法和结肠MRI扫描，但目前这两种方法的临床应用仍受限制。评价排便功能包括排粪性造影、肛门直肠测压及肛周体表肌电图测量。罗马IV委员会建议：将球囊退出实验作为功能性排便障碍的初筛实验。肛门直肠测压及肛周体表肌电图检查提供更多解剖信息及肛管压力变化参数，指导生物反馈，但由于体表肌电刺激引起括约肌的痉挛，可能会出现假阳性的结果。排粪造影能提供排便时功能参数，还能发现一些结构异常。各种检查具有其局限性，应根据患儿的具体情况及客观条件选择检查方式。
渗透性泻剂如聚乙二醇、乳果糖对结肠传输有一定的促进作用。但循证医学的证据表明该类药物对轻中度功能性便秘安全、有效，但对重度便秘疗效不佳，长期使用易产生耐药性。促动力药普卢卡比利以及分泌性泻药鲁比前列酮、利那洛肽可促进结肠传输，对成人难治性便秘有良好的疗效，但后两种药物尚未进入中国市场，且这些药物缺乏儿童用药经验。对于慢传输型便秘症状严重的患者，在经历长时间的失败的保守治疗之后，可以考虑手术治疗，手术方式包括结肠次全切除，回直肠吻合术，节段性结肠切除吻合，Malone顺行性结肠灌洗，但多数学者强调手术方案的选择应依据结肠测压的结果。
功能性胃肠病的罗马IV诊断标准将肛门直肠排出功能障碍引起的功能性便秘或便秘型IBS定义为功能性排便障碍，其又分为不协调性排便和直肠推进力不足两个亚型。不协调排便是生物反馈的绝对适应症。循证医学的证据表明：生物反馈对不协调排便的疗效优于其他治疗方式，与肛门内电刺激疗效相似；但是对于慢传输和肛门直肠解剖异常所导致的便秘的治疗无明显优势。多数便秘型IBS患儿存在排出功能障碍，有研究表明生物反馈能够显著改善IBS患者的便秘症状及焦虑状态。目前，对于生物反馈治疗的方案及疗程尚不统一，推荐采用个体化治疗，即根据疗效决定疗程。生物反馈治疗效果不佳时可联合采用泻药及促动力药，另有文献报道，对于部分生物反馈治疗无效的患儿，肛门内电刺激治疗有效。
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