粪菌移植（fecalmicrobiotatransplantation,FMT）可作为复发性难辨梭状芽孢杆菌感染（Clostridiumdifficileinfection,CDI）的有效治疗手段，对于其他肠道菌群相关性疾病的治疗也大有帮助。目前关于粪菌移植的注册临床研究大量增加，其适应证也愈加明确，但具体的治疗机制尚不明确。
1、粪菌移植的适应证
目前的研究多认为粪菌移植可用于治疗溃疡性结肠炎、克罗恩病、复发性难辨梭状芽孢杆菌感染等，此外，应用粪菌移植治疗肝性脑病，可有效改善血氨水平、反应能力、和全身状况。
2、粪菌移植如何施行？
如何筛选合适的供体一直是研究的热点，严格的供体筛选标准对提高疗效和安全性有着重要意义。对于遗传性或与环境相关的疾病，应避免选择亲属等供体，研究发现，治疗复发性难辨梭状芽孢杆菌感染时，粪菌的供体选择、粪菌冻存状态等因素并不会影响粪菌移植的临床疗效，而治疗炎症性肠病时的疗效则表现出明显的供体依赖性。目前认为，青少年供体的菌群可能优于成人。传统的粪菌制备方法有粗滤法、粗滤加离心富集法等。由于粪便菌群以厌氧菌为主，因此需减少粪便菌群在空气中的暴露时间。目前已有智能分析系统问世，可节省粪菌制备时间，减少厌氧菌的暴露时间，提高制备效率和菌群质量。
粪菌输入途径目前主要包括上消化道、中消化道、下消化道。上消化道途径主要通过口服粪菌胶囊，患者服用方便，但细菌可能受胆盐影响，且胶囊储存时的冻存状态可影响疗效；中消化道途径可通过鼻肠管、内镜钳道孔、经皮内镜胃造瘘空肠管等进行操作，鼻肠管仅适用于有鼻肠管的患者，内镜钳道孔仅适用于内镜检查时，且操作不当可发生误吸和反流，经皮内镜胃造瘘空肠管也仅适用于应用了经皮内镜胃造瘘空肠管的患者，不论具体采用哪种方式，通过中消化道进行输入，粪菌均可受到胆盐的影响，造成疗效下降；下消化道途径则通过结肠镜、灌肠、经内镜肠道植管术等进行操作，下消化道输入方法中，灌肠法输入方便，但粪菌仅能覆盖乙状结肠部，不适用于直肠保留菌液困难者，经内镜肠道植管术可进行多次粪菌移植，但必须联用结肠镜。以上每种方法都各有其优缺点，需根据病情、患者情况等酌情选择。
粪菌移植确切的作用机制目前尚不清楚，目前研究的热点集中在于脑-肠菌群轴、肠-肺菌群轴以及肠道菌群与血液、心血管系统作用。
"中华粪菌库-紧急救援计划（